De acuerdo con los criterios tanto de procedencia y forma de ingreso del grupo documental (Universitarios e Incorporados) como el de acumulación y ordenación de los documentos que lo integran (Fondos y Colecciones) el AHUNAM clasifica sus acervos de la siguiente manera:

1. Fondos Universitarios
2. Colecciones Universitarias
3. Fondos Incorporados
4. Colecciones incorporadas

1. Los fondos universitarios son en su mayoría, aquellos conjuntos documentales generados por las escuelas, facultades, centros e institutos de investigación y demás dependencias de la Universidad, que dan testimonio de las tareas sustantivas de la institución como son la docencia, la investigación y la difusión de la cultura.

La mayor parte de estos fondos son transferidos del Archivo General de la Institución y el resto directamente de algunas dependencias al AHUNAM. Este rubro está integrado por fondos de colegios novohispanos, de las escuelas nacionales en que se convirtieron en el siglo XIX, de las facultades en las que se transformaron -cuando fue el caso- una vez incorporadas a la Universidad Nacional. Asimismo, se integra con fondos producidos y/o generados por institutos, centros y dependencias de la institución o bien, por organismos que se han encomendado a la UNAM en su carácter de salvaguarda, promotora y difusora de la ciencia y la cultura. A la fecha, el Archivo Histórico de la UNAM cuenta con 39 fondos de esta índole.

2. Las colecciones universitarias son el conjunto de documentos recopilados por una entidad universitaria, de acuerdo a sus intereses temáticos e informativos.

Una de las colecciones que ha formado el propio AHUNAM-IISUE es la denominada Memoria Universitaria, constituida por las publicaciones bibliohemerográficas oficiales y/o periódicas editadas por las escuelas, facultades, institutos, centros y en general las dependencias de la Universidad y que, como tales, dan parte del quehacer docente, de investigación y de difusión de la cultura en la Institución.

La colección Memoria Universitaria,  agrupa varias colecciones cuyas piezas documentales son enviadas por las entidades universitarias a petición del mismo AHUNAM. Son 13 las colecciones universitarias que forman parte de nuestro acervo.

3. Los fondos incorporados son aquellos conjuntos documentales producidos por un personaje u organismo en el desarrollo de sus funciones o actividades. El AHUNAM los ha recibido para su custodia, conservación y difusión, a través de donaciones y compras. Los fondos con estas características en el AHUNAM son 34.

4. Las colecciones incorporadas son conjuntos documentales reunidos o recopilados por personajes u organismos cuyos intereses por algún tema universitario, científico o cultural se ve reflejado en la información que poseen los documentos. Estas colecciones ingresan al AHUNAM a través de donaciones o por compra. Las colecciones incorporadas al AHUNAM son un total de 45.

Varios de los fondos y colecciones, tanto universitarios como incorporados, poseen documentos manuscritos, mecanuscritos e impresos así como fotos, negativos, diapositivas, carteles, cintas magnetofónicas, disquetes, películas, etcétera; estos últimos por razones de conservación, están separados físicamente de sus grupos documentales de origen y resguardados en una sala que recibe las medidas de conservación y preservación requeridas para tales materiales. Por supuesto que esta separación es sólo física, pues de manera conceptual se ha procurado mantenerlos unidos al grupo documental al cual pertenecen, de hecho deben conservar su filiación original a través de las correspondientes referencias de localización.

En ese sentido y por razones de difusión y control de los fondos y colecciones custodiados en el AHUNAM, en el Registro Central de Grupos Documentales, la guía general, los folletos, trípticos u otros materiales que con ese fin se elaboran, se hará notar con asterisco cuando esos grupos contengan documentos iconográficos, audiovisuales y sonoros.

* Se refiere a documentos iconográficos, audiovisuales y sonoros.

En el rubro "Fechas extremas" señalamos entre paréntesis las fechas predominantes de la documentación.

~ Indica lagunas en el periódo.