Las publicaciones del IISUE de la UNAM cubren en general temas educativos, principalmente sobre la educación superior, la historia de la educación en México y de las instituciones universitarias. Así como las obras que se derivan del Archivo Histórico de la UNAM (AHUNAM) que forma parte de este instituto. Nuestros libros y revistas se dirigen fundamentalmente a los investigadores especializados en temas universitarios y educativos, así como a estudiantes de posgrado y licenciatura de disciplinas humanísticas y sociales, como la pedagogía, la historia, la sociología y otras áreas afines.
Todas las publicaciones son sometidas al Comité Editorial del IISUE, cuya reglamentación incluye la realización de dos dictámenes doble ciego por académicos externos al instituto.

La mayor parte de los trabajos son producto de investigaciones realizadas por académicos de esta misma entidad académica, pero también se publican textos de otros autores cuyas obras son consonantes a los temas aquí estudiados y cuya calidad es alta y adecuada, conforme a los criterios del propio Comité Editorial.